Vlada Republike Srpske je 2004. godine, na osnovu izvještaja Komisije koju je sama formirala radi utvrđivanja istine, priznala genocid nad srebreničkim Bošnjacima. Iako je to priznanje kasnije osporavano, činjenice ostaju neizbrisive.
Establišment u Republici Srpskoj, kada se suprotstavlja rezoluciji Ujedinjenih naroda, prešućuje da je njihova vlada 2004. na osnovu izvještaja Komisije, koju je sama formirala, priznala genocid nad Bošnjacima u Srebrenici od 11. do 19. srpnja 1995. godine. Tadašnji predsjednik RS-a bio je Dragan Čavić, a premijer entitetske Vlade prilikom formiranja Komisije bio je Dragan Mikerević, dok je prilikom usvajanja njenog izvještaja premijer bio Pero Bukejlović. Kada je 28. veljače 2006. Milorad Dodik preuzeo drugi mandat predsjednika entitetske Vlade, shvatio je da spomenuti izvještaj Komisije, u kojem je priznat genocid, više tereti RS nego sve presude izrečene u Haškom tribunalu i Sudu Bosne i Hercegovine. Alibi za odbacivanje pronašli su u tvrdnji da je ova komisija svoj izvještaj sačinila pod pritiskom tadašnjeg visokog predstavnika Paddyja Ashdowna, što nije istina. Ashdown jeste zahtijevao formiranje ove komisije, ali nije sudjelovao u njenom radu niti je vršio pritisak na članove o tome kako će raditi i kakav će izvještaj usvojiti i predočiti entitetskoj Vladi. Osim visokog predstavnika, osnivanje ove komisije tražila je i Dom za ljudska prava pri Ustavnom sudu BiH, na zahtjev rodbine ubijenih Srebreničana.
Komisija je djelovala od prosinca 2003. do srpnja 2004. godine i imala je sedam članova: pet Srba (Marko Arsović, Milan Bogdanić, Milorad Ivošević, Đorđe Stojaković i Gojko Vukotić), prof. dr. Smail Čekić kao predstavnik bošnjačkih žrtava i britanski diplomata Gordon Bacon, kao predstavnik međunarodne zajednice. Na početku je Arsović bio predsjednik Komisije, a Stojaković i prof. Čekić potpredsjednici. Arsović se povukao kada je shvatio kakav bi izvještaj mogao biti, pa je funkciju predsjednika preuzeo Bogdanić, a Vlada je imenovala Željka Vujadinovića kao novog člana. Činjenice do kojih je Komisija došla imaju neprocjenjivu povijesnu važnost, te oni koji traže istinu o genocidu u Srebrenici uvijek će se osloniti na njezine zaključke. Komisija je detaljno istražila događaje u Srebrenici od 10. do 19. srpnja 1995. godine te utvrdila da je u tom razdoblju likvidirano više od 8.000 Bošnjaka, što predstavlja teško kršenje međunarodnog humanitarnog prava, uključujući genocid.
Profesor Čekić u jednom razgovoru rekao mi je da je ova komisija radila odgovorno i objektivno, a sve odluke donosila je jednoglasno, što znači da nije ni dodavala ni oduzimala činjenice. Pribavila je relevantnu dokumentaciju različite provenijencije bez koje nije bilo moguće izvršiti validnu i potpunu rekonstrukciju izvršenog genocida. U činjeničnom bloku posebno mjesto zauzimaju originalni redovni borbeni izvještaji Glavnog štaba VRS-a od 1. srpnja do 31. kolovoza 1995, koji do tada nisu bili poznati. Komisija je preuzela povijesni kontekst i argumente iz presude bivšem zapovjedniku Drinskog korpusa VRS-a, generalu Radislavu Krstiću, kojeg je Haški tribunal, zbog pomaganja u izvršenju genocida, kaznio zatvorom od 35 godina. Krstićev pomoćnik tada je bio potpukovnik Vujadin Popović, kojem je Tribunal zbog genocida izrekao kaznu doživotnog zatvora, jer je dokazano da su pripadnici Zvorničke brigade ovog korpusa sudjelovali u sprovođenju i strijeljanju srebreničkih Bošnjaka, kao i ukopavanju njihovih leševa, te poslije u njihovom prebacivanju iz primarnih u više sekundarnih grobnica. O tome kolika je bila želja da se što prije pobiju Bošnjaci, svjedoči i činjenica da je na Popovićevo traženje dio vojnika s prve crte bojišnice prebacivan na mjesta masovnih pogubljenja.
Kad je Komisija za Srebrenicu završila rad, Vlada RS-a je 2005. godine, u okviru tih rezultata istraživanja, formirala posebnu radnu grupu za provođenje zaključaka iz njenog konačnog izvještaja. Članovi grupe bila su šestorica Srba i profesor Čekić i oni su utvrdili konačni izvještaj o tome koje su osobe, komande, jedinice i ustanove VRS-a, MUP-a i Ministarstva odbrane RS-a, kao i tadašnje Vojske Jugoslavije i MUP-a Republike Srbije, uključujući i osobe zaposlene u bezbjednosnim strukturama entiteta RS i države BiH, sudjelovale u zločinima genocida u Srebrenici srpnja 1995. godine. Na tom spisku je više od 22.000 osoba sa svim podacima, od identiteta, preko jedinica u kojima su služili, do jedinstvenih matičnih brojeva, ali radna grupa nije do kraja uspjela završiti te spiskove, jer je Vlada RS-a insistirala na okončanju istraživanja. Budući da se izvještaj Komisije iz 2004. jednostrano nije mogao pobiti, Vlada RS-a je potražila “nešto jače”, pa je 2019. formirala Neovisnu međunarodnu komisiju o stradanju svih naroda u Srebrenici i oko Srebrenice od 1992. do 1995. čiji je predsjednik bio Gideon Grajf iz Izraela, članovi iz svih krajeva svijeta (Japan, Kina, Nigerija, SAD itd), a njen član je bila i istoričarka Marija Đurić iz Beograda. Ova komisija je zaključila ono što je režim RS-a htio da zaključi, tj. da se u Srebrenici 1995. nije dogodio ni pojedinačni zločin genocida, ni genocid nad Bošnjacima uopće. Time su oni mislili da će genocid prestati biti u fokusu, ali im predstojeća rezolucija UN-a kvari planove.
